容器育苗与苗床育苗比较，不能施入基肥，否则会致使某些元素的浓度过高，造成死苗。通常只施以适当的堆肥，而追肥的效果也不错。
容器育苗的上肥，通常是将富含一定份额氮、磷、钾养分的混合肥料，按1∶200的浓度配成水溶液，经过灌水体系进行喷施或灌根。后期依据树苗各个成长期的不一样请求，不断调整养分的份额和施用量，以到达最好效果。
灌根通常在黄昏进行，温度过高时不宜进行。施用农家肥必须充分沤熟，既杀死肥中的病菌和有害虫卵，也防止烧苗。根外追肥通常一周1～2次，以清晨进行动好。根外追肥与根施比较，用量少，效率高，通常植物叶片8小时后可吸收60%的叶面肥。对某些微量元素，土壤施入通常无效，因而，可多选用根外追肥的方法，并将两种追肥方法合作进行。不管哪种方法，都应先淡后浓，一旦发现上肥过量，要赶快灌水减弱。
生物肥料对某些树苗的成长效果显着，如松树。不过，松树用容器育苗时，菌根菌较难传达，应进行人工接种，将有菌根菌的土壤铺盖在容器土壤外表。通常菌根土应取自同种松树根系的周围。接种时刻应选在松树种子发芽后一个月摆布，如过早放入，麦苗侧根未形成，菌根菌没有寄主，通常失效。但豆料植物，如金合欢、合欢、紫荆、紫藤等，大都有能够固氮的根瘤菌，而磷肥在很大程度上能够推进根瘤菌的发展。因而这类树苗对磷肥的请求较高，对氮肥请求较低。
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